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Foros: ドキュメント作成 (Thread #35663)
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【単粒子解析】mrcImageShapePCAのオプション-Cで使用する値 (2014-06-30 15:35 by kinoshita-eos #73681)

【質問内容】
　mrcImageShapePCAのオプション-Cで使用する閾値は背景の密度値を入れると解釈しております。この値はmrcImageDensityInfoの体積百分率(m=1)の密度を使用することを考えていますが、合っていますでしょうか。(例えば、80%や90%)

Re: 【単粒子解析】mrcImageShapePCAのオプション-Cで使用する値 (2014-06-30 16:13 by kinoshita-eos #73682)

[メッセージ #73681 への追記]
立方体に対する楕円体の体積比は約６割ということでしたので、60%を使用します。
Responder al #73681

Re: 【単粒子解析】mrcImageShapePCAのオプション-Cで使用する値 (2014-07-01 10:42 by kinoshita-eos #73692)

[メッセージ #73682 への追記]
口答で回答頂きました。
・入力データは2D画像なので、画像端のデータから閾値を考えます。(画像端を背景と考えた場合)
・mrcImageInfo(m=2)を使用すれば、画像端の平均値mean及び標準偏差sdが分かります。
・閾値contourは下記のように考えます。
　contour = mean + sd × 0.5 : (0.5は状況に応じて調整する)
Responder al #73682