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Descripción del Proyecto

BioJava aims to provide a comprehensive set of Java components for the rapid development of applications in Bioinformatics. It contains interfaces for representing Sequences, Features, and other important bioinformatics concepts. It can also read and write sequence data in a variety of common formats and communicate with Ensembl databases and with DAS and BioCorba servers.

System Requirements

System requirement is not defined
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2002-03-15 16:35
1.21

Esta versión incluye la secuencia objetivo general de almacenamiento de datos en bases de datos de secuencia BioSQL (leer y escribir), añade la demo Blast2Html desaparecidos, e incluye varias correcciones de la documentación.
Tags: Minor feature enhancements
This release includes general-purpose sequence data storage in BioSQL sequence databases (read and write), adds the missing Blast2Html demo, and includes various documentation fixes.

2002-02-13 17:41
1.20

BioJava 1.2 incluye mejoras considerables para los analizadores para la salida de hornos y formatos de archivo de secuencia. También hay un mejor paquete de programación dinámica, que puede compilar Modelos ocultos de Markov para bytecode de Java, y el apoyo a la Distributed Annotation System 1.00.
Tags: Major feature enhancements
BioJava 1.2 includes considerable enhancements to the parsers for
Blast output and sequence file formats. There's also an improved
dynamic programming package, which can compile Hidden Markov Models to
Java bytecode, and support for the Distributed Annotation System 1.00.

2001-02-16 21:48
1.10

Pluggable I / O marco para datos de secuencia, los analizadores de hornos y salida de FASTA, el apoyo para el montaje de secuencias biológicas, y un modelo generalizado para el caso de la notificación de cambios y de veto.
Tags: Major feature enhancements
Pluggable I/O framework for sequence data, parsers for Blast and FASTA output, support for assembly of biological sequences, and a pervasive event model for change notification and veto.

2001-01-30 15:12
1.01

Algunos errores fueron fijados con la compilación con 1,3 javac y JBuilder. Apoyo a líneas de mayor descripción en los archivos de FASTA se agregó. SimpleDistributions ahora pueden ser entrenados correctamente.
Some bugs were fixed with compiling with javac 1.3 and JBuilder. Support for longer description lines in FASTA files was added. SimpleDistributions can now be trained properly.

2001-01-30 15:12
1.0

Initial release.
Initial release.

Project Resources

Project Page Descargar: Changelog Descargar: CVS Página principal Descargar: List Descargar: TGZ